De Koninklijke Marine staat tijdens de NSS garant voor de veiligheid vanaf zee.
Op zee patrouilleren Zijner Majesteits Holland en Friesland vlak voor de Nederlandse kust. Samen met vaartuigen van politie en Kustwacht controleren zij op actieve wijze alle scheepvaart tussen Noordwijk en Monster. De schepen ondersteunen de gezamenlijke inspectieteams van politie, douane en marechaussee.
Indien nodig kan ook militaire bijstand verleend worden voor het uitvoeren van arrestaties op zee. De NH90 boordhelikopters kunnen in zo’n situatie ook een bijdrage leveren.
Het luchtverdedigings- en commandofregat Zijner Majesteits De Zeven Provinciën ligt ook op zee. Het schip ondersteunt het Air Operations and Control Station Nieuw Milligen van de luchtmacht. Met haar radarsystemen bouwt het schip een luchtbeeld op. Door deze nauwe samenwerking kunnen alle luchtverdedigingsmiddelen, zoals de F-16, effectief worden ingezet. Indien nodig kan De Zeven Provinciën terroristische dreiging uit de lucht ook zelf aanpakken met haar raketsysteem.
