Het Border Security Training Centre is een van de dertig Frontex Partnership Academies. Dit houdt in dat het BSTC haar faciliteiten en trainers beschikbaar stelt aan het Europese grensagentschap dat belast is met de bewaking van de Europese buitengrens. Op het BSTC worden opleidingen gegeven aan Nederlandse en/of buitenlandse grensbewakers op het gebied van escort en documenten. In samenwerking met de Nederlandse Defensie Academie verzorgt het BSTC ook de mastersopleiding in Border Security. De Partnership Academies en Frontex werken nauw samen op het gebied van opleidingsontwikkeling, evaluatie en het aanbieden van gezamenlijke opleidingstrajecten.